（一）占有科研资源的数量与级别成为绩效考评的重要指标弱化了科研人员的创新动力，项目经费管理松散和结项管理宽松降低了科研经费使用效率
占有科研资源是科研单位和科研人员绩效考评的重要指标，科研单位和科研人员凭借占据大量的科研资源而获得较高的绩效评价，从而弱化了其科研创新动力和强化其争夺科研资源动力；同时项目经费管理松散导致科研经费使用效率下降，项目结项条件宽松造成科研成果质量低劣，使项目立项过程中存在较大的“权力寻租”空间。
（二）资源集成的激励机制和利益分配机制不完善，资源集成推广机制缺位
在政府主导资源集成的模式中，资源集成的激励机制、利益分配机制和法律制度不完善，又缺少资源共享的社会氛围，部分集成的科技资源由于缺乏推广机制，其经济和科研效应并不显著，进一步削弱了相关市场主体筹措和投入集成体系建设资金的动力，因此很多主体不愿参与资源集成，并尽可能地实现资源的自给自足，造成“大而全，小而全”的农业科技资源重复与类同的分布状况。
（三）政府主导农业科技成果转化效率低，农户需求导向的成果转化模式尚未形成
农业科技的公共品特性决定了市场机制无法实现农业科技成果的有效转化，因此政府主导的农业科技成果转化模式和推广模式在我国占据了主流地位，这种成果转化模式和推广模式缺乏激励机制，相关主体积极性不高，责任和权利脱节，农业科技成果转化和推广的难度大。同时农户经营规模小，经济实力有限，无力承担构建农户需求主导的市场化成果转化模式，因此农业科技成果转化率始终处于较低水平。
（四）制度弱化农业科技投入激励，政府、企业和科研机构的农业科技投入意愿不足
官员考核以经济绩效为核心，忽视农业科技投入是官员的理性选择，农业在公共资源分配中处于不利地位。同时地方事权扩大导致地方政府关注点集中在增加财政收入，地方政府在科研资源分配中尽量向第二产业倾斜，对地方财政收入贡献低的农业科技则被忽视。因此现行制度弱化了政府对农业科技投资动力。此外农业企业和农业科研机构规模小和风险承受能力低，难以聚集科技资源和承担科研风险，从而抑制企业和科研机构的科技投入积极性。
