畜禽良种繁育体系建设实现较快发展，在畜禽良种繁育、推广、利用等方面已具有一定基础。通过引进培育和提高云南省自有良种，使部分良种生产性能明显提高，形成了一定数量和规模的种畜禽场。截至2013年底，全省有种畜禽场373个，这些种畜禽场构成云南省现有繁育体系的主体，承担着主要的品种、育种和供种任务。全省各级技术服务机构把推广优良品种作为一项主要工作，实现良种比重逐年增加，有些品种从无到有、从点到面，基本实现了良种化。

品种改良取得初步成效。通过良种及改良技术推广，全省畜禽良种化程度、畜禽生产水平和产品质量明显提高，促进了全省畜牧业生产经营方式的转变和产业化的发展，畜牧业综合生产能力不断增强。去年，全省奶牛、生猪、肉牛、肉羊的良种覆盖率分别达到100%、88.6%、27.3%、19.6%。良种对养殖产品单产增加的贡献率达到40%。

畜禽遗传资源保护和开发利用成果显著。在国家和省有关部门的支持下，通过实施畜禽良种工程、畜禽种质资源保护等项目，建设了一批畜禽遗传资源保种场、保护区。据调查，全省有31个畜禽遗传资源建立了保种场。各地在加强保护的同时，坚持政府引导，鼓励吸纳民间资本参与畜禽遗传资源保护，出现了“国有”和“民营”相结合的资源保护与开发利用模式。畜禽资源开发利用方式朝集育种、生产、加工一体化的方向发展，目前全省有31个畜禽遗传资源已经有企业参与开发利用，开发出特色产品33个，产值达到9.8亿多元。