农药登记许可工作在严格遵循有关法律法规基础上，先后制定出台了《农药登记审批工作管理办法》、《农药登记评审责任追究规定》、《农药登记审查技术规范》、《农药登记资料管理办法》等一系列制度规范，并实行严格的受理、评审、审批“三权分立”制度，形成了相互监督、相互制约的审批机制，极大地提高了审批工作的科学化、规范化水平。
在坚持“科学评审，民主决策”的原则下，农药登记许可建立了地方农业主管部门初审、农业部综合办公大厅统一受理、农业部农药检定所技术检验、专家评审委员会集体审评、种植业司依法审批等各自独立、相互监督的审批机制。同时将技术评审工作具体细化为24个环节，并根据其工作量合理确定评审时限。
为切实解决农药商品名称混乱、临时登记产品多、登记门槛较低等问题，2007年出台了农药管理六项规定，进一步严格农药登记审查，规范农药标签管理，取消农药商品名称，提高市场准入门槛。经过三年的实施，临时登记和分装登记逐渐减少，正式登记大幅增加；高毒农药所占比重显著下降，低毒、微毒农药产品比例明显提高；农药产品淘汰机制进一步完善，高风险农药品种逐渐退出或被限制使用；“一药多名”和标签不规范问题基本解决，农药产品质量明显提高。
加大农药登记信息公开力度，建立农药登记电子审批平台和农药综合查询系统，帮助农药管理、生产、经销及使用者通过21种查询方式，及时便捷地查询到各类农药登记管理信息，不仅使企业实时了解审批结果，同时帮助农技人员和农民及时了解农药的相关知识，提高科学用药水平，实现了管理部门与企业间无障碍沟通。
在充分调研、广泛征求意见的基础上，研究制定了《农药田间试验网上审批工作规范》，设计开发了农药田间试验网上审批系统，初步实现了农药登记从申报、受理、办理到办结的全程网上运转和动态管理。目前，试点省份已由江苏扩大到上海、江苏、浙江、安徽、江西、山东等6个省市，审批时间缩短了1/3以上，受到了广大农药企业的热烈欢迎和充分肯定。
