菠萝蜜种子是菠萝蜜的种仁，具有一定的营养价值。其含有较高的淀粉（60% 以上）、蛋白质（12% 以上）、低脂肪（低于 1.5%），还富含膳食纤维、矿物质钾、植物多酚等营养成分，另外也有研究发现其中含有功能因子 γ- 氨基丁酸，含量高达 413.76mg/100g，具有促进记忆、缓解疲劳等功能。

在食用方面，菠萝蜜种子可以通过盐水煮等方式煮熟后食用，口感粉糯，有点像板栗。也有人将其和大米一起煮饭，因为菠萝蜜种子的赖氨酸含量丰富（高达 1% 以上），而谷物缺乏赖氨酸，二者一起吃可形成营养互补，提高蛋白质的吸收利用率