马铃薯是一种易受真菌、细菌和病毒病为害的作物，但常见的真菌病害有：晚疫病、早疫病、癌肿病、粉痂病、干腐和萎蔫病等。细菌病害有：青枯病、环腐病、黑胫病和软腐病、疮痂病。病毒性病害有：马铃薯卷叶病毒（PLRV）、马铃薯重花叶病毒（PVY）、马铃薯普通花叶病毒（PVX）、马铃薯潜隐花叶病毒（PVS）、马铃薯轻花叶病毒（PVA）、马铃薯副皱缩花叶病毒（PVM）马铃纺锤块茎类病毒（PSTVd）等。